Većina bolesti današnjice je vezana uz poremećaje u mikrobiomu te je mikrobna ekologija, primjenom molekularnih alata, postala jedna od vodećih grana u istraživanju ljudskih bolesti. Uloga laboratorija bit će utvrđivanje uloge mikroorganizama u kvaliteti života kod različitih populacija te istraživanje mehanizama interakcije crijevnog mikrobioma i čovjeka te ulogu mikrobioma u nastanku kompleksnih bolesti. Laboratorij će se također baviti istraživanjem uloge mikroorganizama u utjecaju na okoliš, istraživanjem prehrambenih navika ljudi iz prošlosti te mikrobioloških čimbenika koji utječu na kvalitetu arheoloških nalazišta.
Istraživanja će pridonijeti znanjima o interakciji ekološkog sustava čovjek-okoliš te poboljšanju zdravstvenog stanja ljudi. Analize koje će se provoditi u okviru ovog laboratorija obuhvaćaju klasične mikrobiološke analize te primjenu novih metoda kao što je analiza (meta-)genoma, (meta-)transkriptoma, sekvenciranje sljedeće generacije, sekvenciranje pojedinačnih stanica, metabolomika te ispitivanje fiziologije stanica u realnim sustavima.